Etude d'une protéine humaine

Votre ami Gaston L, jeune débutant en biologie moléculaire, vient vous voir après une tentative ratée d'un clonage d'une protéine humaine. Pouvez-vous l'aider, grâce à votre connaissance des outils de bioinformatique, à comprendre ce qui se passe ?

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CAGGCTGCGC AACTGTTGGG AAGGGCGATC GGTGCGGGCC TCTTCGCTATTACGCCAGCT GGCGAAAGGG GGATGTGCTG CAAGGCGATT AAGTTGGGTAACGCCAGGGT TTTCCCAGTC ACGACGTTGT AAAACGACGG CCAGTGAATTCGAGCTCGGT ACCCGGGGAT CCGCTGACCA ACTGACTGAA GAGCAGATTGCAGAATTCAA AGAAGCTTTT TCATTATTTG ACAAAGATGG TGATGGCACTATAACAACAA AGGAACTTGG GACTGTAATG AGATCTCTTG GGCAGAATCCCACAGAAGCA GAGTTACAGG ACATGATTAA TGAAGTAGAT GCTGATGGTAATGGCACAAT TGACTTTCCT GAATTTCTGA CAATGATGGC AAGAAAATGAAAGACACAGA CAGTGAAGAA GAAATTAGAG AAGCATTCCG TGTGTTTGACAAGGATGGCA ATGGCTATAT TAGTGCTGCA GAACTTCGCC ATGTGATGACAAACCTTGGA GAGAAGTTAA CAGATGAAGA AGTTGATGAA AATGATCAGGGAAGCAGATA TTGATGGTGA TGGTCAAGTA AACTATGAAG AGTTTGTACAAATGATGACA GCAAAGTGAA GGGATCCTCT AGAGTCGACC TGCAGGCATGCAAGCTTGGC GTAATCATGG TCATAGCTGT TTCCTGTGTG AAATTGTTAT CCGCTCACAA TTCCACACAA CATACGAGCC GGAAGCATAA AGTGTAAAGC CTGGG

1. En analysant la séquence ci-dessus, pouvez vous dire :

• - quelle est le nom de la protéine étudiée par Gaston ?
• - Pouvez-vous donner le nom ou bien le type de vecteur utilisé par Gaston ?
• - Quelle est la méthode de criblage qui a été choisie ?
• - Quelle enzyme de restriction a été utilisée pour insérer le gène dans le vecteur ?
• - Gaston a fait une erreur dans la séquence, pouvez-vous déterminer laquelle, et rétablir la séquence correcte ?
• - Pouvez-vous expliquer la différence entre les résultats donnés par BLAST et FASTA ?

2. Analyse de la protéine

• - A l'aide de la matrice de points, montrer que la protéine de Gaston est composée de plusieurs domaines qui se répettent, determinez le nombre de répétitions.
• - Quel est le nom et la fonction de ces domaines ?
• - Donnez le nom de quatre autres protéines humaines possédant ce type de domaine.
• - Indiquez la charge de la protéine à pH 7
• - Proposez un alignement multiple qui mette en évidence les résidus importants pour la fixation du substrat.
• - Est-ce que la structure 3D de ce domaine est connue ? Quelle est le type de structure secondaire ( alpha, beta, alpha/beta, alpha+beta) ?